1.立案责任：通过举报、巡查（或下级环境保护主管部门上报及其他机关移送的违法案件等），发现涉嫌“建设项目的污染防治设施未建成、未经验收或者验收不合格，主体工程即投入生产或者使用的”，予以初步审查，并在规定时限内决定是否立案。
2.调查取证责任：环境保护主管部门对登记立案的环境违法行为，应当指定专人负责，及时组织调查取证，通过搜集证据、现场了解核实情况等进行调查，并制作笔录。与当事人有利害关系的应当回避。执法人员不得少于两人，调查时出示中国环境监察证或者其他行政执法证件。认定并告知违法事实。
3.审理责任：环境保护主管部门对（1）本机关是否有管辖权；（2）违法事实是否清楚；（3）证据是否确凿；（4）调查取证是否符合法定程序；（5）是否超过行政处罚追诉时效；（6）适用依据和初步处理意见是否合法、适当等内容进行审查，提出处理意见。案情复杂或者对重大违法行为给予较重的行政处罚，环境保护主管部门负责人应当集体审议决定。
4.告知责任：在作出行政处罚决定前，应制作《行政处罚事先告知书》，告知当事人有关事实、理由、依据和当事人依法享有的陈述、申辩权利。在作出暂扣或吊销许可证、较大数额的罚款和没收等重大行政处罚决定之前，应当制作《行政处罚听证告知书》，告知当事人有要求举行听证的权利。
5.决定责任：作出处罚决定，制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈诉申辩或者听证情况等内容。环境保护行政处罚案件应当自立案之日起的规定时限内作出处理决定。
6.送达责任：行政处罚决定书应当送达当事人，并根据需要抄送与案件有关的单位和个人。送达行政处罚文书可以采取直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达、转交送达、公告送达、公证送达或者其他方式。送达行政处罚文书应当使用送达回证并存档。
7执行责任：依照生效的行政处罚决定，自居履行或强制执行。
8.其他法律法规规章文件规定应履行的责任。