1.立案责任：通过举报、巡查（或下级环境保护主管部门上报及其他机关移送的违法案件等），发现涉嫌“未取得经营许可证从事医疗废物的收集、运送、贮存、处置等活动的”或者“转让、买卖医疗废物，邮寄或者通过铁路、航空运输医疗废物，或者违反本条例规定通过水路运输医疗废物的”等违反环境保护有关规定的，予以初步审查，并在规定时限内决定是否立案。
2.调查取证责任：环境保护主管部门对登记立案的环境违法行为，应当指定专人负责，及时组织调查取证，通过搜集证据、现场了解核实情况等进行调查，并制作笔录。与当事人有利害关系的应当回避。执法人员不得少于两人，调查时出示中国环境监察证或者其他行政执法证件。认定并告知违法事实。
3.审理责任：环境保护主管部门对（1）本机关是否有管辖权；（2）违法事实是否清楚；（3）证据是否确凿；（4）调查取证是否符合法定程序；（5）是否超过行政处罚追诉时效；（6）适用依据和初步处理意见是否合法、适当等内容进行审查，提出处理意见。案情复杂或者对重大违法行为给予较重的行政处罚，环境保护主管部门负责人应当集体审议决定。
4.告知责任：在作出行政处罚决定前，应制作《行政处罚事先告知书》，告知当事人有关事实、理由、依据和当事人依法享有的陈述、申辩权利。在作出暂扣或吊销许可证、较大数额的罚款和没收等重大行政处罚决定之前，应当制作《行政处罚听证告知书》，告知当事人有要求举行听证的权利。
5.决定责任：作出处罚决定，制作行政处罚决定书，载明行政处罚告知、当事人陈诉申辩或者听证情况等内容。环境保护行政处罚案件应当自立案之日起规定时限内作出处理决定。
6.送达责任：行政处罚决定书应当送达当事人，并根据需要抄送与案件有关的单位和个人。送达行政处罚文书可以采取直接送达、留置送达、委托送达、邮寄送达、转交送达、公告送达、公证送达或者其他方式。送达行政处罚文书应当使用送达回证并存档。
7执行责任：依照生效的行政处罚决定，自居履行或强制执行。
8.其他法律法规规章文件规定应履行的责任。